Happy New Year, Everyone!

 

In the past 2017, Research Computing installed a collection of software packages and libraries on Discovery Cluster to support advanced computing activities across multiple disciplines. 

 

The following is a list of newly installed software packages and libraries from March to December 2017.

 

New software and libraries installed as new modules:

1)     32-bit GLIBC for all compute nodes

2)     afni-17.1.11 (Analysis of Functional NeuroImages)

3)     amber16-cuda: compiling with cuda-7.5

4)     amber16-mpi: compiling with mpich-3.0.4

5)     ansys-fluent-18

6)     boost-1.63.0

7)     cantera-2.3.0

8)     CGAL-4.9.1

9)     cmake-3.10.0

10)  cuda-7.5 drivers (on computing nodes)

11)  cuda-8.0 toolkits and drivers (on computing nodes)

12)  espresso-4.1.3

13)  fmt-4.0.0

14)  gamess-2017R1 (GAMESS, General Atomic and Molecular Electronic Structure System)

15)  gdbm-1.13

16)  gromacs-5.1.4-single-cpu-mpi: compiling with openmpi-2.0.1

17)  gromacs-5.1.4-single-GPU: compiling with cuda-7.5

18)  gurobi-7.0.0

19)  hmmer-3.1b2

20)  idba-1.1.3

21)  lhapdf-6.2.1

22)  libmsr-master-0.3.0

23)  lm_sensors-3.4.0

24)  mcl-14-137

25)  mopac-2016

26)  muscle-3.8.31

27)  mxnet-0.10.1

28)  opencv-2.4.11

29)  orca-4.0.1

30)  ovito-2.9.0

31)  plumed-2.3.1

32)  powercap-master

33)  prodigal-2.6.3

34)  protobuf-3.4.1

35)  pygpu-0.6.8_python-2.7.5

36)  python-2.7.5-nosage

37)  python-3.5.2

38)  qt-4.8.7

39)  R-3.3.3_gnu

40)  raplcap-master

41)  rrdtool-1.4.3

42)  samtools-1.5

43)  schrodinger-2017

44)  schrodinger-2017-3

45)  singularity-2.3.2

46)  snap-4.0

47)  spark-2.2.0_hadoop_2.4

48)  sqlite-3.21.0

49)  stata-14-mp-erten

50)  vsearch-2.4.4

 

New packages installed in Python-2.7.5

1)     anvio-2.4.0

2)     chainer-1.24.0

3)     cv2-2.4.11

4)     cython-0.25.2

5)     dlib-19.7.0

6)     imblearn-0.0

7)     l1ls-0.2.1

8)     lmdb-0.92

9)     keras-2.0.5

10)  mxnet-0.10.1

11)  numpy-1.11.2

12)  pygpu-0.6.8

13)  pygraphviz-1.4rc1

14)  scikit-image-0.13.0

15)  scikit-learn-0.19.0

16)  snap-4.0.0

17)  theano-0.10.0dev1.dev-RELEASE

18)  virtualenv-15.1.0

 

New packages installed in Python-3.5.2:

1)     anvio-2.4.0

2)     bottle-0.12.13

3)     brainiak

4)     CherryPy-8.9.1

5)     Cython-0.25.2

6)     Django-1.11.5

7)     dlib-19.7.0

8)     ete3-3.0.0b35

9)     face_alignment-0.1.0

10)  h5py-2.7.1

11)  lxml-4.0.0

12)  mistune-0.7.4

13)  networkx-1.10rc2

14)  opencv-python-3.3.0.10

15)  Pillow-4.3.0

16)  psutil-5.3.1

17)  PyQt4_gpl_x11-4.12.1

18)  pysam-0.11.1

19)  pytorch-0.2.0

20)  PyWavelets-0.5.2

21)  PyYAML-3.12

22)  qiime2-2017.8.0

23)  requests-2.18.4

24)  scikit-image-0.13.0

25)  scikit-learn-0.19.0

26)  sip-4.19.3

27)  Theano-0.8.2

 

New packages installed in R-3.3.3:

1)     devtools

2)     magrittr

3)     mallet

4)     Rcpp

5)     sqldf

6)     tidytext

7)     tidyverse

8)     tm

9)     rJava

10)  stringi

11)  wordVectors

 

The following is a list of software applications and compiler that will be installed soon.

1)     Compiler (latest version): gnu-7.2.0-compilers (gcc, g++, fortran, support for c++17, GLIBCXX_3.4.24)

2)     QT5: qt-5.10.0

3)     MATLAB: matlab-2017b with license manager

And, researchers are welcome to install third-party software in their home directories with own accounts.

Happy New Year!

Wishing you great success in achieving your dreams and goals in 2018.